De effectentaks wordt berekend per referentieperiode. In principe loopt de gewone referentieperiode van 1 oktober tot en met 30 september van het daaropvolgende jaar. Wanneer men tijdens het jaar titularis wordt van een effectenrekening of niet langer titularis is van een effectenrekening, begint of eindigt er een afwijkende (kortere) referentieperiode.
Om de gemiddelde waarde te berekenen, worden er op vaste referentiepunten (31 december, 31 maart, 30 juni en 30 september) en variabele referentiepunten (bijvoorbeeld wanneer iemand wordt geschrapt of toegevoegd wordt aan een rekening) waardebepalingen opgesteld door de bank.
Zodra de drempel van 1.000.000 EUR is bereikt (na het samentellen van alle effectenrekeningen waarvan u titularis bent), is de taks verschuldigd op de volledige portefeuille.