Er zijn twee soorten vrijstellingen van bedrijfsvoorheffing. De echt vrijstelling van bedrijfsvoorheffing en de vrijstelling van doorstorting van bedrijfsvoorheffing.
Bij de echte vrijstelling van bedrijfsvoorheffing zijn voor sommige vergoedingen geen bedrijfsvoorheffing verschuldigd, omdat die sommen ofwel niet als een bezoldiging worden beschouwd (het betreft de terugbetaling van eigen kosten van de werkgever of onderneming), ofwel expliciet zijn vrijgesteld van inkomstenbelastingen en bijgevolg dus ook van bedrijfsvoorheffing. Het gaat onder meer om de wettelijke kinderbijslagen, sommige vergoedingen voor woon-werkverkeer, welbepaalde niet-recurrente resultaatsgebonden voordelen enzovoort. Bij de vrijstelling van doorstorting van bedrijfsvoorheffing gaat het om inkomsten die belastbaar zijn en normaal gezien dus onderworpen zijn aan de bedrijfsvoorheffing. Hiervoor heeft de wetgever voor bepaalde gevallen een bepaling ingevoerd die de schuldenaar van de voorheffing vrijgesteld wordt.
Andere vrijstellingen stellen de schuldenaar vrij van doorstorting van de bedrijfsvoorheffing. Het gaat onder andere om vergoedingen voor gepresteerd overwerk, vergoedingen voor ploegen- en nachtarbeid, bezoldigingen van bepaalde sportbeoefenaars enzoverder. De vrijstelling wordt enkel toegekend indien is voldaan aan welbepaalde voorwaarden, afhankelijk van de categorie van inkomsten.